यस महाशाखा अन्तर्गत तीनवटा शाखाहरु रहेका छन् :

• प्रणाली तथा जल व्यवस्थापन शाखा
• संस्थागत विकास शाखा
• सूचना, तथ्यांक सम्पत्ति व्यवस्थापन शाखा

#

यस महाशाखाले सम्पन्न गर्ने कामको प्रकार :

• निर्माण सम्पन्न भई व्यवस्थापनमा रहेका सिंचाइ प्र्रणालीहरूको व्यवस्थापन तथा सुदृढीकरण कार्यका लागि जनशक्ति, बजेट आदिको व्यवस्था मिलाउने र खेत स्तर सम्म सिंचाइ व्यवस्थापनकार्यको अनुगमन, मुल्याङ्कन गर्ने / गराउने ।
• खेत स्तर सम्म सिंचाइ व्यवस्थापनको लागि आवश्यक नीति, निर्देशिका, कानून, नियमावली तथा कार्यविधि तयार गरी महानिर्देशक समक्ष पेश गर्ने ।
• सिंचाइको दिगो विकासका लागि निर्माण सम्पन्न भै व्यवस्थापनमा रहेका ठूला सिंचाइ प्रणालीहरूका जल उपभोक्ताहरूको क्षमता अभिवृद्धि (संस्थागत विकास) का लागि आवश्यक तालिमको पहिचान, तालिम सामाग्रीहरूको विकास तथा तालिम सञ्चालन गर्ने / गराउने।
• निर्माण सम्पन्न भई व्यवस्थापनमा रहेका सिंचाइ प्रणालीहरु पूर्णरुपमा अथवा आंशिक रुपमा उपर्युक्त विधि अपनाई सम्वन्धित उपभोक्ता संस्थाहरुलाई व्यवस्थापन हस्तान्तरण सम्वन्धि कार्य गर्ने / गराउने ।
• राष्ट्रिय तथा अन्तरराष्ट्रिय पानी व्यवस्थापनसँग सम्वन्धित संघ संस्थाहरूसँग समन्वय गरी कार्य गर्ने / गराउने ।
• बिभाग अन्तर्गतका आयोजना तथा कार्यक्रमहरु सम्बन्धी अभिलेख तथा सम्पत्ति व्यवस्थापन गर्ने / गराउने ।