जलस्रोत तथा सिंचाइ विभागको मुख्य उद्देश्यहरू निम्न अनुसार रहेका छन् :

#

• उपलव्ध जलस्रोतको समुचित उपयोग गर्न सिंचाइ गुरुयोजनाको मर्मलाई आत्मसात गर्दै सिंचाइ क्षेत्रको दिगो विकास एवं विस्तार गर्दै कृषि उत्पादकत्वको अभिवृद्धि गर्ने ।
• कृषि योग्य जमिनमा सिंचाइको विकास तथा विस्तार गरी वर्षैभरी भरपर्दो सिंचाइ सुविधा पुर्याउने ।
• सिंचाइ तथा जल उत्पन्न प्रकोप व्यवस्थापनका लागि निर्मित संरचनाहरूको समयमै उचित मर्मत संभार गरी दिगो र भरपर्दो बनाउने साथै प्रभावकारी जल व्यवस्थापन तथा आधुनिकीकरण गर्ने ।
• निर्माण संपन्न भइ संचालनमा रहेका ठुला सिंचाइ प्रणालीहरुको दक्षता (Efficiency) बृद्धि तथा उपभोक्ताहरुको क्षमता विकास गरी सिंचाइ सेवालाइ दिगो, भरपर्दो र प्रभावकारी वनाउन सिंचाइ प्रणालीहरुको आंशिक वा पुर्ण रुपमा ब्यवस्थापन हस्तान्तरण गर्दै जाने ।
• नदी तथा जलाधार व्यवस्थापनका लागि उपयुक्त प्रविधिको विकास तथा प्रयोग आवश्यक संरचनागत तथा गैरसंरचनागत कार्य गरी जल उत्पन्न प्रकोपबाट हुने क्षति न्यूनिकरण गर्ने साथै जोखिम रहित जग्गा उकास गर्ने ।
• ठुला प्रकृतिका पहिरोहरुको ब्यवस्थापनका लागि आवश्यक अध्ययन, अनुसन्धान र संरचनागत तथा गैरसंरचनागत कार्य गरी जनधनको क्षति न्यूनिकरण गर्ने ।
• सिंचाइ तथा जलउत्पन्न प्रकोप व्यवस्थापनका पुर्वाधार सम्बन्धी सूचना व्यवस्थापन प्रणालीको विकास तथा सुदृढीकरण गर्ने ।
• सिंचाइ, जल उत्पन्न प्रकोप, पहिरो र जलाधारको विकास एवं व्यवस्थापन को लागि संस्थागत विकास , संगठनात्मक सुधार तथा यस क्षेत्रमा कार्यरत जनशक्तिहरूको क्षमता अभिवृद्धि गर्ने ।
• जलवायु परिवर्तनको प्रभावलाई सम्बोधन गर्न जलवायु जोखिम व्यवस्थापन सम्बन्धी कार्यक्रमहरु अनुकूलन र अल्पीकरण (Adaptation and Mitigation) अवधारणलाई जलश्रोत तथा सिंचाइको विकास कार्यमा समावेश गर्दै सञ्चालन गर्ने ।